לאחר הניתוח, אין צורך בהתנהגות מיוחדת. לעתים תכופות, מנותחים יידרשו ליטול טיפול תרופתי נגד פרכוסים ועל כן מתבקשים להימנע מצריכת משקאות חריפים, לשמור על שינה סדירה ולא להיחשף להבזקי אור כגון צפיה ממושכת בטלויזיה מקרוב או משחקי וידאו או מחשב. לרוב אין צורך בחבישת פצע הניתוח לאחר שחרור מביה"ח וניתן לרחוץ את הפצע כרגיל. הוצאת התפרים תעשה בהתאם להנחיות הרופא המנתח, לרוב כעבור שבוע עד 10 ימים.
תהליך ההתאוששות לאחר ניתוח מוח יחסית מהיר וכעבור שבועיים עד שלושה, מנותחים חוזרים לשגרת יום בסיסית. חזרה לעבודה תתאפשר לרוב בין 4 ל-6 שבועות לאחר הניתוח במידה ואין צורך בטיפולים נוספים וחזרה לפעילות גופנית כעבור 2 עד 3 חודשים.
האשפוז הנחוץ לאחר ניתוח מוח הינו ברוב המקרים בין 3 ל-4 ימים. לאחר מכן, ישוחרר המנותח לביתו ולמקרה הצורך לטיפול שיקומי או טיפול אונקולוגי משלים.
להבדיל מהרבה ניתוחים אחרים הנערכים באתרים אחרים של הגוף, ניתוחי מוח אינם כרוכים בכאבים לאחר הניתוח ברוב המוחלט של המקרים וזאת, בין היתר, בשל היעדר עצבוב תחושתי למוח.
אורך הניתוח הינו נגזרת של המחלה בגללה נערך הניתוח כך שיתכנו הבדלים משמעותיים מבחינה זו. רוב הניתוחי המוח נמשכים בין 3 ל-4 שעות בצורה שאיננה מהוהה בעיה הדרמתית ברוב המוחלט של המנותחים.
כל ניתוח נושא סיכון ייחודי בהתאם לטיב ומיקום הנגע. יחד עם זאת, כל הניתוחים נושאים סיכונים משותפים הנובעים מהרדמה כללית, תהליך החלמה של פצע וחדירה לתוך רקמת המוח. התפתחות הטכנולוגיה הניתוחית בשני העשורים האחרונים הביאה לצמצום ניכר של רמת הסיכון בניתוחי המוח.